国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所
国立大学法人 大阪大学 蛋白質研究所

タンパク質-タンパク質間相互作用の予測

1. アミノ酸配列からのタンパク質間相互作用予測
PSOPIA

ツール:PSOPIA

文献

  1. Murakami, Y. and Mizuguchi, K. (2014). “Homology-based prediction of interactions between proteins using Averaged One-Dependence Estimators”, BMC Bioinformatics, 15:213.
2. 単一アミノ酸配列からのタンパク質結合部位予測

ツール:PSIVER

文献

  1. Murakami, Y. and Mizuguchi, K. (2010). “Applying the Naive Bayes classifier with kernel density estimation to the prediction of protein-protein interaciton sites”, Bioinformatics, 26 (15): 1841-1848. doi:10.1093/bioinformatics/btq302
3. アミノ酸配列ペアからのタンパク質結合部位予測

ツール:PPiPP

Reference

  1. Ahmad, S. and Mizuguchi, K. (2011). “Partner-aware prediction of interacting residues in protein-protein complexes from sequence data”, PLoS One (2011) 6(12)e29104.
  2. 水口賢司、(2015)、タンパク質間相互作用「生命ネットワークの基本部品の構造を解明する」、日本生物物理学会